Penjajahan di daérah-daérah anu jauh ieu kahontal berkah tina karep anu teu kendat sareng karya teu kendat tina sakelompok misionaris Jesuit anu, terang yén anu nalukkeun henteu sanggup nalukkeun urang Asli, mutuskeun nyandak Injil ka aranjeunna, sahingga ngahontal ku kecap naon anu henteu kahontal ku cara panangan.
Maka, dina akhir abad ka tujuh belas, dina prakarsa antusias Jesuit Eusebio Kino, anu kéngingkeun ijin ti aparat Spanyol pikeun ngamimitian ékspédisi Laksamana Isidro Atondo y Antillón, para misionaris dugi ka anu dipercaya mangrupikeun hiji pulau, pikeun ngahutbah pangeusina anu teu dijagaan. Dina raraga masihan ijin, Mahkota parantos nyayogikeun syarat yén penaklukan dilakukeun dina nami Raja Spanyol sareng mubaligh éta nyalira kéngingkeun sumber daya pikeun ngalaksanakeun usaha.
Misi anu munggaran, Santa María de Loreto, didirikeun taun 1697 ku Bapa José María Salvatierra, anu kantos aya di Tarahumara, sareng saha Bapa Kino ngusulkeun ngalaksanakeun padamelan anu hébat. Santa María de Loreto salami langkung ti saratus taun ibukota politik, ékonomi sareng agama Cal Californiaias.
Salami tilu perempat abad ka payun, para misionaris ngadegkeun ranté tina dalapan belas bénténg anu luhung, dihubungkeun ku anu disebut "jalan karajaan" anu aranjeunna sorangan ngawangun, nyambungkeun daérah Los Cabos, di beulah kidul semenanjung, dugi ka wates ayeuna sareng urang tatangga ka kalér; Ieu tiasa dilakukeun kusabab di antara para misionaris aya pendeta anu gaduh pengetahuan ngeunaan konstruksi sareng rékayasa hidrolik.
Tina konstruksi anu pikasieuneun ieu, sababaraha urang salamet dina kaayaan anu sampurna, sapertos San Ignacio, salah sahiji bangunan anu paling asri sareng paling alus, diwangun ku Bapa Juan Bautista Luyando di 1728; anu di San Fransisco Javier, diadegkeun dina 1699, anu diwangun ku kapilah adobe anu hina sareng imah pendeta anu diwangun ku Fray Francisco María Piccolo; gedong ayeuna diwangun dina 1774 ku Bapa Miguel Barco, sareng kusabab arsitékturna anu éndah éta dianggap "permata tina misi Baja California Sur"; yén Santa Rosalía de Mulegé, didirikeun taun 1705 ku Bapa Juan María Basaldúa, 117 kilométer kalér Loreto, mangrupikeun salah sahiji tempat anu paling saé, kusabab éta diwangun di hiji oasis di sisi laut.
Misi ngagabungkeun kaindahan arsitektur sareng kabeungharan hiasan sareng lingkungan anu praktis, anu ngamungkinkeun permukiman permanén didirikeun di sakurilingna. Misionaris henteu ngan ukur nginjilkeun kaum aborigin, tapi ngajar aranjeunna pikeun ngadamel gurun anu subur ku korma; aranjeunna ngenalkeun ingon-ingon sareng melak jagong, gandum sareng tebu; Aranjeunna berhasil ngadamel lahan ngahasilkeun tangkal buah sapertos alpuket sareng buah ara, sareng dina raraga sasuai sareng upacara kaagamaan anu meryogikeun anggur sareng minyak, aranjeunna kéngingkeun ijin pikeun ngokolakeun tangkal anggur sareng tangkal zaitun, anu dilarang di sésana Anyar Spanyol, sareng berkat dinten ieu, anggur anu saé sareng minyak zaitun dihasilkeun di daérah éta. Sareng upami sadayana ieu henteu cekap, aranjeunna ogé ngenalkeun heula rungkun kembang mawar anu mekar di ieu lahan sareng anu ayeuna ngahias taman sareng kebon di samenanjung sadayana.
