Serangan penjajahan Spanyol Don Nuño Beltrán de Guzmán anu tetep ka bumi kulon nagara, dina raraga ningkatkeun kakuasaan sareng kakawasaanna kana daérah-daérah éta, ngahasilkeun ngadegna propinsi anyar anu disebut Karajaan New Galicia.
Daérah ieu dicicingan ku sababaraha kelompok pribumi, anu teras-terasan ngaruksak padumukan anu didamel ku Spanyol di dinya. Létnan Nuño de Guzmán, Kaptén Juan B. de Oñate nampi paréntah pikeun ngabéréskeun propinsi-propinsi éta sareng mendakan Villa de Guadalajara di tempat anu disebat Nochistlán, hiji kanyataan yén anjeunna nyampurnakeun tanggal 5 Januari 1532. Kusabab seringna serangan pribumi di kota anjeunna kedah ngalih sataun engké ka Tonalá sareng engké ka Tlacotlán. Mindahkeun katilu dilakukeun pikeun netepkeun kota di Lembah Atemajac, dimana kota éta pasti diadegkeun tanggal 14 Pébruari 1542 kalayan ayana Cristóbal de Oñate salaku gubernur New Galicia sareng Don Antonio de Mendoza, teras wakil raja Spanyol Anyar, anu nunjuk walikota Miguel de Ibarra sareng gubernur letnan.
Kota berkembang pesat sareng mimiti bersaing sareng Compostela (dinten ieu Tepic), anu teras janten tempat kakuatan agama sareng sipil, sahingga padumuk Guadalajara masihan tekanan sapertos ka otoritas Audiencia, yén raja Felipe II mutuskeun ngaluarkeun Cédula tanggal 10 Méi 1560 ngalih ti Compostela ka Guadalajara, Katedral, Pengadilan Tinggi sareng pejabat Keuangan.
Struktur kota direncanakeun numutkeun kota-kota kolonial sanésna, janten tata letak na dikembangkeun dina bentuk papan catur tina tempat alun-alun San Fernando. Teras perkawis lingkungan Mexicois sareng Analco didirikeun ku Fray Antonio de Segovia, sareng lingkungan Mezquitán, salah sahiji anu pangkolotna. Imah-imah balé kota ogé didamel, sabalikna candi San Agustín ayeuna sareng garéja paroki anu munggaran dimana tempat Istana Kaadilan ayana.
Ayeuna, kota anu megah, subur di gedong kolonial, nunjukkeun conto conto arsitéktur anu saluyu, sapertos Katedral na, situs anu kedah ditingali, diwangun antara 1561 sareng 1618 ku arsiték Martín Casillas. Gaya na parantos diklasifikasikeun salaku barok incipient. Struktur padet na naék payuneun dinten ieu Plaza de Guadalajara, kalayan menara panasaran na, sanaos aranjeunna sanés kagolong kana gaya aslina gedong éta, ayeuna diaku salaku simbol ibukota Guadalajara. Menara purba ancur dina abad salapan belas ku gempa bumi, janten anu ayeuna gaduhna ditambihan. Pedalaman candi semi-Gothic dina gaya, kaasup kolongna anu didamel tina renda.
Daérah agama sanés ti abad ka-16 nyaéta biara San Fransisco, didirikeun taun 1542 caket walungan, di lingkungan Analco, sareng ampir ancur dina Réformasi. Kuil na, direnovasi dina akhir abad ka-17, kalayan permukaan Baroque na garis-garis Solomononic saderhana, dilestarikan. Biara San Agustín, didirikeun taun 1573 ku Royal Ordinance of Felipe II sareng ayeuna ngajaga candi na ku fasadna garis-garis Herrerian parah sareng interiorna sareng kolong ribbed.
Santa María de Gracia, anu sanésna yayasan konvérsual, diilikan ku biarawati Dominika ti Puebla, didamel taun 1590 payuneun Plaza de San Agustín sareng dibayar ku Hernán Gómez de la Peña. Pangwangunanna nébut genep blok, sanaos ayeuna ngan candi na tetep, sareng fasad neoklasik ti satengah kadua abad ka-18.
